フコイダンとは多糖類の一種であり、昆布やもずく等褐藻類のヌルヌルとした成分に多く含まれています。

単糖であるL-フコースが硫酸基を含んで連なった多糖類のことであり、この硫酸基が水分を保持することでゲルの状態を作り出す機能性を持っています。

硫酸基は人間の胃粘膜を保護する粘質成分にも含まれる物質であるため、胃の中に入ってきたときにとても馴染みやすいことも特徴です。

色素であるフコキサンチンとは別物であるとされている場合も多いですが、フコキサンチンが付着している場合でも、L-フコースが硫酸基で連なっているものは同じ機能性を保有しています。

ナガマツモ科の海草である沖縄モズクは100g中にフコイダンを2.0-2.3g程度含みます。

ワカメや昆布等の他の海藻類の含有量がそれぞれ0.4-0.6g、1.0g程度であることからも、貴重な成分源として注目されています。

抽出が他の藻類よりも容易であることから、抽出物製品も高品質なものを比較的安価で入手することが可能です。

ただし、精製、抽出された物の場合は原料によって機能性が大きく異なるということはなく、フコイダン製品を選ぶ際には、精製純度が概ね85%以上であることと、硫酸基を13%以上含むこと（13%より多い必要はなし）に注目すると良いとされています。

分子の大きさに関しては、低分子の方が吸収率は高いものの、高分子の方が機能性が高いこともあり、必ずしもどちらかが良いということはありません。